Projeto/Contrato PS: MAR-01.04.02-FEAMP-0024

 
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Projeto: MAR-01.04.02-FEAMP-0024


Projeto
Designação do projeto:SARDINOMICS - Desenvolvimento de ferramentas moleculares para o melhoramento do conhecimento e da gestão dos stocks de Sardinha
Código do projeto:MAR-01.04.02-FEAMP-0024
Instituição proponente/ Promotor líder/ Entidade coordenadora:Faculdade de Ciências da Universidade do Porto
Data de aprovação:2018-10-08
Data de início:2019-01-01
Data de conclusão:2022-12-31
Custo Elegível do Projeto
Custo Total Elegível: 705.055,04 EUR
Objetivos, atividades e resultados esperados/atingidos
Objetivos, Atividades e Resultados
Neste projeto pretende-se desenvolver métodos complementares de identificação de stocks em sardinha, nomeadamente métodos baseados em marcadores genéticos, e contrastá-los com a informação obtida pelos métodos mais tradicionais baseados na morfometria de otólitos. A proposta visa 1) sequenciar o genoma e o transcriptoma da sardinha, que servirá de referência para desenvolver as ferramentas moleculares necessárias para 2) avaliar a estrutura genética das populações e sua conectividade e, recorrendo a amostras históricas, 3) estimar a variabilidade temporal do efetivo populacional das populações de sardinha em território nacional. Por fim, pretende-se 4) comparar os resultados derivados das técnicas moleculares com a informação obtida por técnicas tradicionais usando morfometria de otólitos, avaliando o grau de complementaridade destas metodologias.
O primeiro objetivo (a sequenciação do genoma) foi finalizado com sucesso no primeiro ano do projeto, tendo-se publicado o mesmo numa revista de referência. Para o sucesso desta tarefa contribuiu também a sequenciação do transcriptoma feita previamente. A informação mais relevante prendeu-se com o facto de uma quantidade apreciável do genoma da sardinha ser constituída por motivos de ADN repetitivos (mais de 30%). Esta característica, por si só, permitia antever dificuldades em algumas das tarefas posteriores que envolviam dados genéticos. O genoma inicialmente obtido continha diversos erros, pelo que foi feito um esforço adicional para obter uma nova versão do genoma da sardinha usando novas tecnologias. Assim, obteve-se um novo genoma com resolução cromossómica (a máxima possível) que será publicado brevemente.
O problema do ADN repetitivo, aliado aos atrasos decorrentes da pandemia COVID19 fizeram com que a tarefa 2 (delimitação de unidades populacionais com base em marcadores moleculares) se atrasasse. Os resultados esta tarefa estão a ser neste momento finalizados para publicação e basicamente demonstram o seguinte: 1) há uma diferenciação genética profunda entre os stocks de sardinha do Mediterrâneo e do Atlântico; 2) dentro do Mar Mediterrâneo, há pelo menos três stocks diferenciados, incluindo o oeste do Mediterrâneo, o mar Adriático e o mar Egeu; 3) surpreendentemente há alguma afinidade entre as populações amostradas nas Ilhas Canárias e as do Mediterrâneo; 4) no Atlântico há três stocks bem diferenciados: um no Marrocos Sul, outro em Portugal, Golfo de Cádis e Marrocos Norte e, por fim, outro no Norte de Espanha, Golfo da Biscaia, Norte de França e Reino Unido.
A tarefa 3 (análise da variabilidade populacional ao longo do tempo), que requeria uma dedicação e disponibilidade de trabalho laboratorial bastante intensa, foi praticamente impossibilitada pela ocorrência da pandemia COVID19. No entanto, alguns resultados preliminares foram promissores. Em parte, os procedimentos laboratoriais ficaram estabelecidos e a disponibilidade de um genoma de referência com qualidade ao nível cromossómico irá facilitar futuros desenvolvimentos nesta área. Os poucos resultados, em conjunto com a informação genética fragmentada existente na literatura, sugerem que a diferenciação de stocks pode ser mais dinâmica do que era suposto.
Na tarefa 4, os dados morfométricos dos otólitos suportaram as evidências genéticas encontradas previamente e em parte da literatura já produzida sobre a diferenciação de stocks de sardinha no Atlântico e Mediterrâneo. Foi possível, ainda, usar os dados morfológicos para avaliar a eficácia de diferentes metodologias de aquisição da forma dos otólitos para análise de diferenciação de stocks de sardinha.
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